公司设综合办公室、党群和人力资源部、财务资产部、运营管理部、安全技术部，公司下辖1家分公司（潍坊分公司）和8个经营实体（矿山灾害防治研究院、综合勘查院、数字化矿产勘查院、 金属地质勘查院、贵州办事处、新疆办事处、内蒙古办事处、陕甘办事处）。